Estudió en un colegio religioso próximo al domicilio de sus padres y luego Medicina en la Universidad autónoma de Madrid entre 1972 y 1979.
Estuvo, desde muy joven implicado en las luchas antifranquistas. Militó en un grupo anarquista que se opuso a la refundación de la CNT a mediados de los setenta y luego en un colectivo consejista que acabó integrándose en Acción Comunista a la que perteneció hasta su disolución en 1978. Debido a esta actividad fue detenido en cinco ocasiones entre 1972 (cuando aún estudiaba en el colegio) y 1976 y le fue vetado el acceso al campus universitario en 1973. Participó en publicaciones como los Cuadernos de Izquierda Comunista, La Huelga, La Voz Obrera y Acción Comunista bajo el pseudónimo de Álvaro Hernández o con otros alias.
Hizo la residencia de Psiquiatría en el Hospital Psiquiátrico Nacional de Leganés, que había iniciado un intento de transformación vinculado a un proyecto de dirección autogestionaria.
Tras un breve paso por el Ayuntamiento de Madrid, donde trabajó como psiquiatra en la puesta en marcha del Centro de Salud Mental de Hortaleza, unificando recursos del propio Ayuntamiento y del Hospital Psiquiátrico de Madrid, volvió a Leganés en 1985 en esta ocasión como Responsable Médico para desarrollar un plan de trasformación de cinco años que debería dar lugar a una red de servicios de salud mental comunitarios que, siempre bajo la dirección de Manuel Desviat, pasaron a llamarse Instituto Psiquiátrico José Germain. En 1991 pasó a hacerse cargo de los Servicios de Salud Mental del Área 3 de Madrid, en Alcalá de Henares, con el proyecto de implantar allí una red de servicios a la que se había desarrollado en Leganés.
Desde 1993 es profesor Asociado del Área de Psiquiatría de la Universidad de Alcalá y desde 1997 director (Junto a Beatriz Rodríguez Vega) del Master en Psicoterapia (Perspectiva Integradora) de la Universidad de Alcalá. Ha desarrollado una intensa actividad docente.
Ha tenido un papel destacado en los movimientos de reforma sanitaria, de los médicos residentes y de reforma psiquiátrica. Participó en la puesta en marcha de la Asociación de Defensa de la Sanidad Pública (Que luego daría lugar a la FADSP). Fue miembro de la Coordinadora MIR y perteneció a la comisión negociadora y a los comités de huelga de inicios de los ochenta. Ha sido un miembro muy activo de la Asociación Española de Neuropsiquiatría de la que ha sido presidente y de otras asociaciones profesionales.
Es miembro del Comité Técnico de la Estrategia en Salud Mental del Sistema Nacional de Salud y de la Comisión Nacional de la Especialidad de Psiquiatría.
Ha trabajado en programas de salud mental o trabajo psicosocial en diversos países y con diversas organizaciones entre las que se cuentan Médicos del Mundo, Médicos sin Fronteras y el Grupo de Acción Comunitaria. En el año 1995 fue gravemente herido en Bosnia en el atentado contra la sede de Médicos de Mundo en el que murió Mercedes Navarro.
Ha escrito numerosos libros y artículos profesionales con una perspectiva crítica sobre los sistemas de atención a la salud mental o los fundamentos de la Psiquiatría y las otras disciplinas que se ocupan de la salud mental y sobre psicoterapia y otras intervenciones psicosociales. Ocasionalmente ha llevado estas ideas o extrapolaciones de las mismas a publicaciones como Rebelión, Público o El País.
Ha mantenido siempre una vinculación con los movimientos sociales en los que ha participado de diversas maneras.